In den Pogromen vom 9. und 10. November werden auch die Gebäude an der St.-Apern-Straße 29-31 verwüstet. Unter den etwa 800 jüdischen Männern, die in Köln von der Gestapo verhaftet und in das Konzentrationslager Dachau verschleppt werden, sind auch Lehrer der Jawne. Mit einem Erlass vom 15. November werden alle jüdischen Kinder und Jugendlichen, die noch öffentliche Schulen besuchen, von dort verwiesen. Die Abiturzeugnisse jüdischer höherer Schulen werden nur noch im Ausland anerkannt.